Консорциум FANTOM, организованный центром RIKEN Omics Science Center (OSC), имеет своих представителей в Австралии, Швейцарии, Норвегии, Южной Африке, Швеции, Канаде, Дании, Италии, Германии, Сингапуре, Великобритании, и США. Консорциум обеспечивает научное сообщество расширенными базами данных о геноме млекопитающих, биологии и компонентах клеток. FANTOM имеет авторитет в мире по вопросам транскриптома млекопитающих, всех посредникиков РНК, демонстрирующих активную генетическую экспрессию в одной точке за раз.

Важное открытие заключается в том, что примерно 70% генома транскрибируется, и более чем половина экспрессивных генов не кодируют белок. Таким образом, необходимо пересмотреть предыдущую теорию о том, что только 2% генома транскрибируется в мРНК, кодируя белок. В своей четвертой стадии, FANTOM4, под руководством доктора наук Йошихиде Хаяшизаки, после трех лет лабораторных исследований разработал технологию создания структуры геномной экспрессии. Также была основана математическая схема для описания полученных данных, и выделены главные геномные элементы, которые играют важную роль в сохранении клеточных состояний.

В своем исследовании центр OSC расширил свои первоначальные технологии CAGE (анализ генной экспрессии) и создал технологию deepCAGE, которая имеет преимущество секвенции следующего поколения: точно определяет сайт инициации транскрипции и количество экспрессии на каждом сайте инициации. Технология deepCAGE была применена для определения миелоидной клеточной линии (ACL) лейкемии для геномного периода действия динамики экспрессии на уровне индивидуальных факторов. Это особенная секвенция ДНК, обеспечивающая центры связывания для РНК полимераза и факторов транскрипции протеина. Консорциум построил количественную модель геномной экспрессии генов, которая фиксирует основные регуляторные мотивы (мотив - это уникальная секвенция ДНК, с которой связана соответствующая группа факторов транскрипции протеина) проводя дифференциацию.

Правильность модели была доказана исследованием каждого фактора транскрипции маленькой РНК. Первый отчет о крупномасштабной генной работе, основанной на экспериментальных данных, должен поднять много шума в научном обществе. Эта информация также представляет большой интерес для биологии и медицинских исследований. Необходимо изучить процессы, при которых клетки подвергаются изменениям или становятся канцерогенными, а также определить, как можно контролировать рост и изменение стволовых клеток, чтобы сделать их безопасными для использования в медицине.

Доктор Харуказу Сузуки, научный координатор консорциума, заявил, «Мы гордимся тем, что именно мы провели это исследование. Нашей целью было понимание того, как гены управляют клетками на молекулярном уровне. Мы хотим поблагодарить членов консорциума за их неоценимый вклад в проведение исследования.»

Консорциум FANTOM также расширил предыдущие исследования транскрипции, исследуя повторяющиеся элементы в геномах млекопитающих с помощью технологии deepCAGE. Эти элементы составляют половину генома. Раньше они рассматривались как паразитические ДНК. Однако исследовательская команда обнаружила, что повторяющиеся элементы очень распространены и 6-30% мышиных и человеческих РНК появляются из повторяющихся элементов. РНК часто контролируются динамически. Они также контролируют выпуск генома при помощи различных механизмов.

Кроме того. FANTOM4 обнаружил другой тип РНК, относящийся к крошечным РНК (transcription initiation RNA), в организме человека или птенца. В длину они составляют около 18 нуклеотидов и расположены в пределах -60 +120 nt сайта инициации транскрипции. Могут быть распространены у животных. В справочнике BioMed Central Thematic Series можно найти больше информации об исследованиях FANTOM4 в геномной биологии.